Η μέθοδος των βλαστοκύστεων διαφέρει από την κλασική Εξωσωματική κυρίως ως προς την ημέρα που γίνεται η μεταφορά των εμβρύων στη μήτρα.

Στην κλασική Εξωσωματική η μεταφορά των εμβρύων στη μήτρα γίνεται την 2η -3η ημέρα από την ωοληψία, όταν η ανάπτυξή τους βρίσκεται στο στάδιο των 4-8 κυττάρων.

Τα τελευταία χρόνια με την βοήθεια νέων καλλιεργητικών υγρών κατέστη δυνατή η ανάπτυξη των εμβρύων σε πιο προχωρημένο στάδιο, αυτό της βλαστοκύστης. Η βλαστοκύστη (τελευταίο εξελικτικό στάδιο του προς εμφύτευση εμβρύου) είναι έμβρυο 50-100 κυττάρων και φθάνει στο στάδιο αυτό ανάπτυξης 5-6 ημέρες από μετά την ωοληψία, οπότε γίνεται και η μεταφορά της στην μήτρα.

Η μέθοδος αυτή εφαρμόζεται σε γυναίκες που έχουν πολλά έμβρυα, δεδομένου ότι ένα μικρό ποσοστό συνεχίζει την ανάπτυξή του μετά την 3η ημέρα και φθάνει στο στάδιο της βλαστοκύστης, ενώ τα υπόλοιπα εκφυλλίζονται (ποσοστό 30% περίπου των εμβρύων θα φθάσει το στάδιο αυτό).

Η καλλιέργεια βλαστοκύστης προσφέρει ένα ισχυρό κριτήριο επιλογής των ποιοτικότερων εμβρύων προς μεταφορά.

Με την μεταφορά των εμβρύων στο στάδιο της βλαστοκύστης επιτυγχάνεται καλύτερος συντονισμός εμβρύων-ενδομητρίου, με αποτέλεσμα την αύξηση του ποσοστού εμφύτευσης ανά έμβρυο, καθώς επίσης και την αποφυγή πολύδυμων κυήσεων εφόσον μόνο μέχρι 2 ποιοτικώς καλές βλαστοκύστεις εμφυτεύονται στη μήτρα. Σημειώνουμε ότι η αποφυγή πολύδυμων κυήσεων παραμένει σήμερα η κύρια ένδειξη για την εμβρυομεταφορά στο στάδιο της βλαστοκύστης.

Έχει τεκμηριωθεί ότι τα έμβρυα που φθάνουν στο στάδιο της εκκολαπτόμενης βλαστοκύστης έχουν περίπου διπλάσια πιθανότητα να εμφυτευθούν.